基于納米孔的第三代測序技術(shù)研究獲新突破

　　最近的一項研究發(fā)現(xiàn)，在低NaCl濃度下長鏈DNA更利于納米孔測序，這為納米孔測序技術(shù)的發(fā)展提供了線索。

　　這篇名為“鏈長對DNA構(gòu)象及摩擦行為的影響”的研究論文發(fā)表于《中國科學(xué)：技術(shù)科學(xué)》英文版2013年第12期，從摩擦學(xué)角度初步探討了不同鏈長DNA在納米孔測序過程中的構(gòu)象及摩擦行為的變化，由西南交通大學(xué)機(jī)械工程學(xué)院錢林茂教授擔(dān)任通訊作者撰寫。

　　作為遺傳信息的載體，準(zhǔn)確探測DNA序列能從根本上治療及預(yù)防諸多疾病。人類基因組計劃使用第一代Sanger測序技術(shù)，耗時十幾年，直接花費超過10億美元。以Roche公司454技術(shù)為代表的第二代基因測序技術(shù)僅需一周就能完成人類個體基因組測序，花費不到100萬美元。近年來嶄露頭角的基于納米孔的第三代基因測序技術(shù)通過檢測DNA分子通過納米孔時產(chǎn)生的特征阻塞電流來探測DNA序列。此項技術(shù)憑借快速、精確、低成本的優(yōu)勢，有望完成美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)設(shè)定的只用1000美元完成個人基因組測序的目標(biāo)。然而目前仍有一些關(guān)鍵問題亟需解決：例如彎曲纏繞的DNA分子難以進(jìn)入納米孔;過快的過孔速度使電流信號的檢測更加困難。因此，DNA分子的構(gòu)象及其與納米孔孔壁間的作用力對測序過程有著重要影響，研究鹽濃度及鏈長對DNA分子構(gòu)象及其摩擦學(xué)行為的影響十分必要。

　　在之前的研究中，錢林茂教授與其團(tuán)隊發(fā)現(xiàn)，較低的NaCl濃度能使DNA形成更為伸展的分子構(gòu)象并且增大DNA與納米孔孔壁間摩擦力，這些均利于納米孔測序的進(jìn)行。在該項研究中，錢教授與其團(tuán)隊發(fā)現(xiàn)隨著鏈長的增大，DNA分子較為伸展，使其能夠更為順利地進(jìn)入納米孔;同時在低載下鏈長對DNA與孔壁間的摩擦力影響較小，說明納米孔測序技術(shù)能適用于各種鏈長的DNA分子。因此，在低NaCl濃度下長鏈DNA更利于納米孔測序。

　　“今后，隨著納米孔測序技術(shù)的發(fā)展，每個人都能負(fù)擔(dān)得起自身的基因測序�！卞X教授說道，“基于我們的研究結(jié)果，納米孔測序技術(shù)不會被DNA的鏈長所限制，也就是說更長的讀取長度有望實現(xiàn)，有助于提高測序效率，從而降低測序的成本�！�

　　該研究結(jié)果有助于理解NaCl濃度及鏈長對DNA分子構(gòu)象及其摩擦學(xué)行為的調(diào)控機(jī)理，并對基于納米孔的第三代基因測序技術(shù)的發(fā)展具有重要的指導(dǎo)意義。目前，該團(tuán)隊已開始進(jìn)一步地研究納米孔測序中各項參數(shù)的優(yōu)化。

　　錢教授表示，除了優(yōu)化納米孔測序過程中的各個參數(shù)，還有很多基礎(chǔ)研究需要完成，他們的團(tuán)隊也將進(jìn)行進(jìn)一步的探索。